Uppsala Akademiförvaltning leds av en förvaltningsstyrelse utsedd av Uppsala universitets konsistorium i dess egenskap av Styrelse för stiftelser med anknuten förvaltning till Uppsala universitet.
Styrelsen består av:
- Direktör Claes Östberg
- Rector Magnificus Anders Hagfeldt, professor
- Chefsjurist JK Ingrid Westin Wallinder
- Ledamot Christer Svensson
- Universitetsdirektör Caroline Sjöberg
- Akademiräntmästare och verkställande direktör: Kent Berg